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最近，玉溪市環境科學研究所和中科院南京地理與湖泊研究所的一個科技項目提出了磷礦開采區污染控制方案，為撫仙湖、星云湖，以及整個滇中磷礦區的污染治理工作提供了科學依據和技術支撐。
撫仙湖是我國第二深淡水湖泊，蓄積水量占云南省九大高原湖泊水資源蓄水總量的67.3%。星云湖則是撫仙湖上游的唯一湖泊，兩湖由一條長2.2公里的隔河相連。受到周圍磷礦開采和磷化工帶來的磷污染影響，兩湖水體都出現了加速污染和富營養化趨勢，藻華頻繁暴發，透明度下降，尤其是星云湖，從1982年的綜合水質類別為II類下降為現在的劣V類，水體功能逐漸喪失。科學家們通過長期的觀測調查，發現磷是兩湖水質惡化的主要污染因子。
2008年，在省級科技重大項目支持下，玉溪市環境科學研究所和中科院南京地理與湖泊研究所共同承擔了“磷礦開發磷污染對撫仙湖和星云湖的影響研究”項目。經過兩年時間，項目組弄清了磷礦開發污染源的污染產生機制、污染物種類與數量、對周邊環境與生態的影響、遷移途徑及其對兩湖的影響。在此基礎上，因地制宜地提出了經濟有效的磷礦開發區污染治理思路，一是針對磷礦廢棄地存在的污染控制問題，形成一套“磷礦開采廢棄地生態修復治理組合模型”，為廢棄磷礦的污染治理提供了技術支持;二是針對磷礦區地表徑流入湖污染問題，研發了人工濕地凈化技術和河口水面規模化漂浮植物養殖工程凈化水質技術，可有效控制礦源污染物的入湖負荷量。
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