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根據日前發改委印發的《重點流域水污染防治項目管理暫行辦法》，中央補助投資優先支持污水和垃圾處理項目建設，對于規劃內污水和垃圾處理類項目較少或已基本完成項目建設的湖庫，中央補助投資可適當支持水環境綜合治理等類型項目建設。
國家發改委將根據年度投資規模，并結合各地建設任務、資金需求、污染物削減任務等因素，合理確定各地年度投資額度。 單個項目的中央補助投資上限一般由項目估算投資和中央投資補助比例確定。 污水和垃圾處理類項目估算投資一般按建設規模和建設內容測算。水環境綜合治理類項目的估算投資按與水污染治理直接相關的清淤截污等工程造價確定。其他項目的估算投資一般不超過規劃投資.
辦法規定，中央投資補助比例總體按東、中、西部地區分片確定（特殊流域和區域除外），補助比例分別為不高于 30%、45%和 60%。特殊流域和地區范圍，以及特殊類型項目的補助比例由國家發展改革委按程序予以確定。對于特許經營項目的中央補助投資上限，應根據社會資本投資主體與政府簽訂的合同協議確定。對于建設資金缺口較小、未達到中央補助投資上限的項目，發改委可按實際需求安排中央補助投資。
重點流域水污染治理項目投資計劃分別采用直接方式和切塊方式下達。 直接下達投資是由國家發改委在投資計劃中直接將中央補助投資安排至項目，省級發改部門轉發下達投資計劃。切塊下達投資是由國家發改委對數量多、范圍廣、單項資金少的項目下達年度中央補助投資額度和建設規模計劃，省級發改部門將計劃分解安排到具體項目，并報國家發改委。
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