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環(huán)境微生物技術主要是利用微生物的代謝反應過程和生物合成產物（包括酶）對污染環(huán)境進行監(jiān)測、評價、整治以及修復的單一或綜合性的現(xiàn)代化人工技術系統(tǒng)。它不僅包含了生物技術所有的特點，還融合了環(huán)境污染防治以及其他工程技術，目前已逐步發(fā)展成為一種經(jīng)濟效益和環(huán)境效益俱佳的、能解決日益嚴重的（尤其是水污染）環(huán)境問題的有效手段之一。
微生物處理技術在生活污水處理中的應用已經(jīng)非常成熟并且全面普及，但是在工業(yè)污水的處理中還存在著一定的技術問題。相對于生活污水來說，工業(yè)污水的成份要復雜的多，大多數(shù)工業(yè)污水的COD值都相當高，可生化性差，這就給微生物處理帶來了相當大的難度，有些工業(yè)污水甚至還有很高的氨氮指標，增加了微生物處理的難度。但是微生物技術的許多優(yōu)勢注定了它將是工業(yè)污水治理的一個方面，而且目前已經(jīng)有很多行業(yè)的工業(yè)污水開始采用微生物處理技術并且得到了穩(wěn)定的運行數(shù)據(jù)。
中國水網(wǎng)記者就工業(yè)廢水的特種微生物處理技術采訪了北京科技大學環(huán)境工程系書記、常務副主任林海博士。據(jù)林主任介紹，近十幾年已經(jīng)發(fā)現(xiàn)并培養(yǎng)了許多種具有特種功能的微生物，并且其奇妙的效果也讓世人看到了環(huán)境微生物的發(fā)展空間。經(jīng)過分離、優(yōu)化和特殊培養(yǎng)的高效特種菌尤其是一些極端微生物，即指那些在一般生物不能生存的條件下能生存的微生物（如高酸、高溫、高堿、高壓、高鹽、低溫等），由于其特殊的生理機制，在環(huán)境治理中體現(xiàn)了特殊的應用價值。如降解石油的特效菌種、降解染料分子的特效菌等都已經(jīng)有了實際的應用，但其降解機理還不十分清楚，運行也存在一些問題，加之培養(yǎng)條件嚴格、運行成本過高等原因而沒有得到廣泛的應用。
環(huán)境微生物必將成為21世紀高新技術的重要組成部分。林主任認為以下幾個環(huán)境微生物研究的側重方向都將具有重要意義：1）培養(yǎng)新的特效物種并進一步提高其應用效率、降低應用成本；2）運用各種相關技術加以優(yōu)化組合，尤其是高效、低能耗、易普及的特種微生物與特殊工藝的最佳結合；3）加強不同專業(yè)、不同學科之間的合作，如將毒理學和微生物學和環(huán)境工程相結合；4）重點從根本上消除污染源，充分協(xié)調人與自然之間的關系，充分實現(xiàn)廢物資源化。
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